在第二次新吉翁战争别名‘逆袭的夏亚’终结后地球圈取得了短暂的和平这之后3年宇宙世纪0096年在工业殖民地工业7号上进行了一项秘密交涉和地球联邦政府有秘密协议并依此发展的‘毕斯特财团’打算将过去用以威胁联邦的最高机密拉普拉斯之盒交给新吉翁的残党军袖章另一方面在亚纳海姆工业专门学校就读的少年巴纳吉林克斯遇见了自称为奥黛丽伯恩的少女奥黛丽为了制止新的战争爆发必须阻止拉普拉斯之盒的交易巴纳吉在数次帮助奥黛丽之后逐渐被她所吸引随后地球联邦察觉了这起交易并进行军事介入工业殖民地随即化为一片火海一场围绕‘拉普拉斯之盒’的战争开始了
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