在未知生命体全部被消灭后的两年人类迎来了短暂的和平但海滩上突然出现的神秘欧帕兹打破了这一和平城市中再度出现了人类离奇死亡的案件这次残杀人们的凶手是新的敌人不明物体它们拥有着人类无法匹敌的神秘力量就连专门为之成立的G3小队也对它们毫无办法失去记忆的开朗少年津上翔一暂住在美杉教授家中与美杉教授的侄女风谷真鱼儿子美杉太一一起生活但隐藏在翔一天真笑容背后的其实是神秘的英雄假面骑士亚极陀每当不明物体出现残杀人类时他便会受到感应前去消灭它们愈发强大的不明物体津上翔一过去的记忆以及从欧帕兹中诞生的神秘黑衣少年它们之间有着什么样的联系呢一切的真相又是什么
